CP2K常用脚本使用方法

CP2K常用脚本使用方法

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CP2K脚本名称:atomfixed.py

功能:可以识别 POSCAR 文件的原子坐标,并自动识别是分数坐标还是笛卡尔坐标,根据需求设置要固定的原子。例如在分数坐标下,输入0.3,脚本会把 Z 轴方向坐标低于 0.3 的原子坐标的序号输出出来,方便用 Multiwfn 输入要固定原子的序号。

用法:直接输入atomfixed.py,并保持当前文件夹下含有POSCAR文件。

示例图片:

CP2K脚本名称:gefcp

功能:用于输出CP2K在做几何结构优化或者晶胞优化力收敛的情况,只包含受力,不像 VASP 中 gef 一样还输出能量的收敛情况,不过也够用。

用法:在计算任务下直接输入 gefcp,注意,CP2K 的任务产生的.out文件一定得是 cp2k.out 文件。

示例图片:

CP2K脚本名称:contcar

功能:用于将 CP2K 做几何结构优化和晶胞优化产生的一系列坐标文件 cp2k-pos-1.pdb 的最后一帧提取出来,并在当前文件夹中产生 CONTCAR.cif,CONTCAR.pdb 文件,相当于 VASP 结构优化计算最后优化好结构的最终文件 CONTCAR。

用法:直接输入contcar,并保持目前计算任务产生的是 cp2k-pos-1.pdb 文件。

示例图片:

CP2K脚本名称:mdsimplify.py

功能:由于 VASP 和 CP2K 在做分子动力学的时候会产生大量的轨迹文件,如果在 jmol 软件中查看轨迹的变化的时候,轨迹帧数太多。因此,此脚本是从 VASP (movie.xyz) 或 CP2K (cp2k-pos-1.xyz) 轨迹文件中按指定间隔提取帧,生成一个新的简化版 xyz 文件。方便后续查看。

用法:mdsimplify.py 文件名 间隔,并保持目前计算任务产生的是 cp2k-pos-1.xyz 文件,或者 VASP 分子动力学产生的 movie.xyz 文件。

VASP跑分子动力学模拟 2026-03-18