QE赝势设置和QEtoolkit脚本设置和使用教程

QE赝势设置和QEtoolkit脚本设置和使用教程

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QE常用赝势:GBRV-USPP-PBE,PAW-PBE

这两种赝势即可应付大多数数计算,都是PBE类型的赝势。

GBRV-USPP赝势下载地址:https://www.physics.rutgers.edu/gbrv/

PAE-PBE赝势下载地址:PSlibrary - QUANTUMESPRESSO

在下载好上述赝势之后,然后在服务器上创立两个文件夹,然后把相对应的赝势放进对应的文件夹下。

QEtoolkit 脚本设置:

1.脚本的下载:首先在这个大佬的博客 http://bbs.keinsci.com/thread-31439-1-1.html 里面下载 QEtoolkit.sh 文件,然后把脚本上传至超算服务器。执行 dos2unix QEtoolkit.sh 和 chmod +x QEtoolkit.sh 使其成为可执行文件。

2.安装脚本所需环境:脚本使用需要具备 Multiwfn 程序。下载好 Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip 文件,上传超算服务器,进行解压: unzip Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip。之后在 .bashrc 文件中设置好环境变量,最后 source ~/.bashrc 即可。

上述环境变量执行后需进入 Multiwfn 安装文件夹下,执行 chmod +x Multiwfn,使 Multiwfn成为可执行文件。

3.脚本初始化设置:打开脚本,将脚本的赝势路径和 QE 版本设置成自己实际的路径和版本。

QEtoolkit 使用方法:

QEtoolkit 的功能在于实现像 Multiwfn 快速生成 CP2K 的输入文件一样快速生成 QE 的输入文件。

1.坐标文件的准备:

计算的结构坐标文件用 VESTA 生成的 POSCAR 文件即可。并将 POSCAR 放进对应计算任务文件夹下,进入计算文件夹下,执行 QEtoolkit.sh 脚本即可。之后会产生下图界面。选择对应的序号进项想要的操作,之后输入 POSCAR 就进行了坐标文件的读取,之后生成的 QE 计算的输入文件是包含这个 POSCAR 的坐标文件的。即完成简单的坐标读取和写入计算输入文件。

2.根据结构优化的输出文件 output 输出 .cif 文件:

用法必须按照 QEtoolkit output文件名 进入页面然后选择输出想要的输出文件,不然直接输入 QEtoolkit 进入界面输出的只能是 .cif 式的隐藏文件。此外,该功能的应用,必须是在计算任务正常结束的情况下才能使用。

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